Строительство Мемориальной синагоги финансировал Российский еврейский конгресс. Её открытие состоялось в сентябре 1998 года. В проектировании синагоги принимали участие архитекторы М. Зархи и В. Будаев, в оформлении внутреннего убранства - израильский скульптор Ф. Майслер. Интерьеры мемориала выдержаны в строгих, торжественных тонах.
Мемориальная синагога на Поклонной горе является практически единственным в России музеем еврейской истории. Его экспозиция включает в себя материалы по истории евреев со времен их расселения в России. Она отражает вклад евреев в культуру России, их участие в экономическом развитии страны, в защите её рубежей во время службы в царской армии. Нашли место в экспозиции и трагические страницы истории российских евреев, их жизнь в черте оседлости, погромы и преследования (В дореволюционной России действовало более 400 законов, положений, правил, ограничивающих права евреев, их труд, расселение, культуру, образование, соблюдение религиозных традиций). Значительная часть экспозиции посвящена истории Холокоста — Катастрофы европейского еврейства в годы войны. Представлены материалы о нацистской политике окончательного решения еврейского вопроса, трагической судьбе узников гетто и лагерей смерти. Рассказывается также об участии евреев в движении Сопротивления — партизанских отрядах, о героизме воинов-евреев на фронтах Великой отечественной войны (более 150 из них получили звание Героя Советского Союза).
Особый раздел экспозиции посвящен подвигу русских, украинцев, белорусов, спасавших своих соседей-евреев на оккупированных территориях (удостоенных за это впоследствии звания Праведников мира). Некоторые из них спасали десятки и сотни людей, другие помогли сохранить жизнь одного еврейского ребенка. На представленной в экспозиции медали Праведника написано: «Кто спас одного человека, тот спас весь мир».
В музее Мемориальной синагоги проводятся экскурсии, лекции, демонстрируются фильмы об истории евреев в России, о трагических событиях Холокоста. Деятельность музея направлена на формирование толерантности в обществе, формирование чувства уважения к евреям России, их трагическому и героическому прошлому, их вкладу в российскую культуру, науку, экономику, государственность.